La domanda sulla differenza dell'umano è stata posta numerose volte nella storia del pensiero e a essa sono state date risposte diverse: chi ha puntato l'accento sul linguaggio, chi sul pensiero, chi sulla capacità raziocinante, per fare alcuni esempi. A partire da questo interrogativo, Edoardo Boncinelli ha riflettuto su ciò che costituisce lo specifico della natura umana, tenendo soprattutto presente il confronto con gli altri esseri viventi, anche alla luce delle scoperte e dalle acquisizioni dello sviluppo scientifico e tecnologico.
Vi sono, secondo Edoardo Boncinelli, due elementi che costituiscono lo specificità dell'umano: da un lato la gratuità, nel senso che gli uomini non agendo unicamente in risposta a istinti non fanno solo cose utili a loro o al loro gruppo, dall'altro, la libertà, da cui in realtà deriva la capacità di fare gesti gratuiti. L'agire libero, in particolare, si definisce come il numero di scelte possibili in risposta ad un determinato stimolo, nel senso che mentre l'animale, anche se compie dei piccoli gesti di libertà, risponde in modo necessariamente uguale di fronte al medesimo stimolo, gli esseri umani reagiscono in modi diversi alla stessa sollecitazione.  In questo modo si aprono all'uomo rispetto agli animali tre livelli di realtà: oltre al piano che corrisponde alle strutture biologiche e a quello costituito dal genoma, l'uomo definisce un terzo livello che consiste nella cultura. Il piano dell'evoluzione culturale e quello dell'evoluzione biologica, in particolare, sono talmente intrecciati nell'individuo che è difficilissimo districare un aspetto dall'altro in ogni circostanza. Si possono comunque, secondo Edoardo Boncinelli, individuare come proprie dell'uomo due nascite: quella biologica propriamente detta e quella culturale. Altra specificità dell'essere umano è infatti quella di nascere con il cervello incompleto, il quale matura nel corso dei primi anni di vita, assorbendo e immagazzinando le conoscenze acquisite, una crescita che conduce alla nascita dell' "uomo culturale".
Lungi dall'essere definita una volta per tutte, la condizione umana si trova oggi a confrontarsi con una nuova possibilità: l'intervento sul genoma e la sua manipolazione, che, secondo Edoardo Boncinelli, potrebbe aprire una quarta storia accanto a quella del corpo, dei geni e della cultura.